应用领域

  • 初定位
  • 精细定位


使用二代测序进行初定位,暂时性分离群体(例如F1群体、F2群体、BC群体)、永久性分离群体(例如RIL群体、DH群体)均适用,与混池分离分析(Bulked-Segregant Analysis,BSA)、全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)、全转录组关联分析(Transcriptome-Wide Association Study,TWAS)、基于泛基因组的全基因组关联分析(Pan-genome-Wide Association Study,pan-GWAS)等多种分析方法兼容。




项目流程





结果交付

出具测序报告,明确初定位候选区间。




送样建议

可接受DNA、种子、叶片等多种样本类型。


样本类型*

要求

种子

确保发芽率

DNA

琼脂糖凝胶电泳有明显条带,浓度10~100ng/μl

叶片或等效物

保持干净、干燥、未腐烂


                                        *仅限非人源样本


使用景肽生物自研PARMS SNP分型试剂对定位群体进行基因型分析,结合表型数据,进一步缩小候选初定位区间,直至获取候选基因。

不同群体(暂时性分离群体、永久性分离群体),通过二代测序、芯片检测手段,利用多种分析方法(BAS、GWAS、TWAS、pan-GWAS)获得的初定位结果均可适用。




项目流程





结果交付

• 全部开发分子标记的序列信息


• 群体全部个体在所开发分子标记处的分型结果(.xlsx)


• 部分分子标记的代表性分型图




送样建议

可接受DNA、种子、叶片等多种样本类型。

对于叶片类型样本,可另行提供适配的装样板,使用更便捷。


样本类型*

要求

种子

确保发芽率

DNA

琼脂糖凝胶电泳有明显条带,浓度10~100ng/μl

叶片或等效物

保持干净、干燥、未腐烂


                                        *仅限非人源样本




装样建议





常见问题

Q1:为什么叶片样本无需冷藏、冷冻,寄送时也无需使用冰袋?

A1:使用景肽生物自主研发高效能聚合酶,有极高的灵敏度和特异性,常温样本即可满足扩增要求。样本最重要的是保持干燥,可最大限度的避免叶片存放、运输过程中的腐烂。




参考文献

• Tan C, Yang Y. Penta-Primer Amplification Refractory Mutation System (PARMS) with Direct PCR-Based SNP Marker-Assisted Selection (D-MAS)[M]//Plant Genotyping: Methods and Protocols. New York, NY: Springer US, 2023: 327-336.

• Lu J, Hou J, Ouyang Y, et al. A direct PCR–based SNP marker–assisted selection system (D-MAS) for different crops[J]. Molecular breeding, 2020, 40: 1-10.